第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
演员：希亚·拉博夫 梅根·福克斯 乔什·杜哈明 泰瑞斯·吉布森 瑞切尔·泰勒 安东尼·安德森 强·沃特 约翰·特托罗 迈克尔·奥尼尔 凯文·杜恩 朱丽叶·怀特 阿莫里·诺拉斯科 扎克·沃德 Michael Trisler 里兹万·曼吉 威廉姆·摩根·谢泼德 克里斯托弗·约翰·托马森 伯尼·麦克 Carlos Moreno Jr. 约翰·罗宾森 特拉维斯·范·文克 彼得·雅各布森 格伦·莫肖尔 Frederic Doss 查理·博丁 乔舒华·费恩曼 克里斯·埃里斯 斯蒂芬·福特 迈克尔·肖姆斯·维尔斯 斯科特·皮
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